Der kommandierende Offizier der Sternenflotte an Bord von DS9 ist Benjamin Sisko, ein auf der Erde geborener Farbiger. Er ist Baseball-Fan, einfühlsam und kurzangebunden in seinem Kommandostil. Sisko hatte eine Frau, Jennifer, die er bei dem Angriff der Borg bei Wolf 359 verloren hat. Sisko war zu jenem Zeitpunkt im dritten Jahr Erster Offizier der U.S.S. Saratoga, die bei dem Angriff vollständig zerstört wird. Sisko macht Captain Picard mitverantwortlich für den Tod seiner Frau, da dieser als Locutus die Borg geleitet hatte. Nach der Zerstörung des Borgschiffes geht Sisko mit seinem zwölfjährigen Sohn Jake für drei Jahre zu den "Utopia Planitia Fleet Yards" auf dem Mars, um dort beim Wiederaufbau der Flotte zu helfen. Das Kommando über DS9 nimmt Sisko nur widerwillig an, er hat ausdrücklich um einen Posten auf der Erde gebeten, da er seinen Sohn allein aufziehen muß. Sein ganzes Leben wird immer noch von seiner Frau und ihrem Tod überschattet, und erst die verantwortungsvollen Aufgaben, die auf DS9 auf ihn warten, helfen ihm, sich in seinem neuen Leben zurechtzufinden.
Die Rolle des Commanders war völlig von irgendwelchen Vorgaben freigehalten worden, es stand also nicht von vornherein fest, welchem Geschlecht oder welcher ethnischen Gruppe der Commander zugehörig sein sollte. Das wurde (angeblich) lediglich von der Schauspielqualität derjenigen abhängig gemacht, die für die Rolle vorsprachen.

Avery Brooks
Gespielt wird Benjamin Sisko von Avery Brooks, der schon den glatzköpfigen Hawk in der Serie "Spenser" verkörpert hat. Brooks, der am 18. April 1949 in Indiana geboren ist, war der erste Schwarze, der von der "Rutgers University" ein "MFA" für Schauspielerei und Regie erhielt. Brooks hat bereits in mehreren Theaterstücken mitgewirkt, sowie eine Hauptrolle in einem Musical über das Leben von Malcolm X gespielt. Neben seiner Tätigkeit als Schauspieler ist er heute Professor für Theater an der "Mason Gross School of the Arts". Für die Rolle des Benjamin Sisko wurde er auch deshalb ausgewählt, weil es ihm gelingt, die Persönlichkeit eines Starfleet-Offiziers überzeugend darzustellen. Sisko ist ein Typ, der Respekt einflößt und tatsächlich eine Autorität an Bord der Station ist. Brooks betont immer wieder, daß es ihm gefällt, einen alleinerziehenden Vater darzustellen, da das eines der Probleme ist, mit denen auch der Durchschnittsmensch zu kämpfen hat. Somit spiegelt StarTrek wieder einmal die Probleme der Zeit wieder.