Die Molekulargittermatrix kontrolliert die Dematerialisierung am Replikatorterminal, so daß das Original eine exakte Kopie des Originals ist. Das Rohnahrungsmaterial ist eine Kombination von Langkettenmolekülen, was ein Minimum von Replikationsenergie erfordert. Bei der Dematerialisierung wird eine leicht modifizierte Phasenübergangsspulenkammer benutzt, wobei der resultierende Materiestrom statistisch die geringste Quantumtransformationsmanipulation benötigt, um die meiste Nahrung zu generieren. Diese "Transmutation" der Materie ist ein modernes wissenschaftliches Geheimnis, hält aber die Kosten gering. Obwohl das Rohmaterial normalerweise bei einer Starbase-Überholung erneuert wird, können durch osmotische und elektrolytische Fraktion von angefallenem Wasser bis zu 82% des Materials zurückgewonnen werden. Bei fehlendem Rohnahrungsmaterial kann auch aus Grundrohmaterial oder Abfallmaterial Nahrung hergestellt werden, was allerdings sehr viel mehr Energie benötigt und deshalb nicht zu empfehlen ist. Mit diesem System braucht man gegenüber Nahrungssystemen mit Kühlhallen nur 20 mal weniger Nahrungsmittel aufzubewahren, um gleichzeitig 10 mal so viele Gerichte zuzubereiten. Da dieses System jedoch ein molekular basiertes Transportersystem ist, kann es bei einzelnen Nahrungsmitteln zu Fehlern kommen, die jedoch meist nicht zu schmecken sind. Eine Ausnahme bilden altarianische Gewürze, die durch den Replikator leicht giftig generiert werden und deshalb normalerweise nicht auf diese Weise gewonnen werden können. Auch Kaviar wird nicht 100%ig richtig generiert.